虽然近几年智慧农业物联网系统应用越来越多，但是国内农产品供应链管理实践发展相对滞后，影响了食用农产品的质量安全，也影响了供应链参与者的经济效益。主要体现在：

  1.对农产品供应链管理的市场导向观念认识不足，难以形成计划、生产、运输、交易销售、服务和监管为一体的食用农产品供应链。石家庄圣启科技有限公司市场部分析报告显示：大部分农户、经销商还没有使用智慧农业物联网系统，依然是一盘散沙，农户生产或养殖的产品直接交由经销商收购，或者直接去农贸市场销售，没有计划性，对市场变化反应慢。生产组织分散，经营规模小，组织化程度低，削弱了供应链组织的竞争优势。

  2.食用农产品供应链组织中缺乏真正有领导能力的核心企业。在现实的管理实践中，食用农产品供应链的核心企业多是加工生产企业或销售企业，然而这些企业虽然已应用上智慧农业物联网系统，但是目前受自身规模的影响，或过多地考虑自己的利益，在供应链中所起的领导作用不明显，这削弱了食用农产品供应链作为战略联盟的整体竞争优势。

  3.智慧农业物联网系统市场竞争的无序导致供应链人为割裂，供应链一体化程度低。首先，食用农产品市场法律法规建设的薄弱和区域性壁垒导致市场分布的人为割裂;其次农产品交易的市场体系、交易方式、服务手段建设的落后，很难使全国农产品供应链形成统一高效的一体化网络。

  4.农产品供应链流通基础设施建设落后，缺乏统一的食用农产品供应链质量安全管理信息平台；圣启科技工程师发现冷链物流建设落后；食用农产品供应链质量监管体系不健全，等等。

  5.不重视供应链管理中极为关键的信息化平台的搭建，造成信息不对称，引入智慧农业物联网系统的企业和未引入智慧农业物联网系统的企业差别大，从而引起经营成本、管理成本、决策成本、采购成本、运输成本、包装成本、生产加工成本、市场成本无形中被加大和农产品市场价格波动比较大。