大棚生产的发展，多种棚菜给农民带来了明显的经济效益，但是大棚在使用多年后，各种病害尤其是土传病害也日趋严重，已成为棚菜生产中必须引起重视的问题，解决重茬病最好采用综合措施，具体措施包括：
一、实行轮作倒茬：
根据不同蔬菜作物的要求，间隔一定时期再种植，最好进行水旱轮作，如辣椒腾茬后种植一季水稻或者栽植水生蔬菜莲藕等。轮作对防止土传病害效果好。
二、采用嫁接栽植：
利用耐（抗）病砧木嫁接栽植，提高蔬菜的抗病性。西瓜、黄瓜、番茄、茄子常遭黄萎病、枯萎病、根腐病、青枯病等致命性病害的危害，一旦发病，面临绝产和换茬。嫁接能很好地防止这些病害的发生，据测定，嫁接后西瓜、黄瓜、番茄、茄子病害发生率为零，而未嫁接的西瓜种植3年的发病率为90%，黄瓜种植3-5年后发病率为30%-50%。
三、进行无土栽培：
不用土壤而是用营养液栽种蔬菜的方法。采用这种方法节水节肥，产量高，品质好，无污染公害，生产快，效益好，可从根本上解决土传重茬病的问题，特别适合于工厂化的生产。无土栽培不受地域限制，广泛应用于多种蔬菜的生产，但技术要求比较严格。

四、药剂消毒：
大棚蔬菜腾茬后，对棚内进行药剂消毒也有较好的效果。如防治真菌性病害可选用30%土菌消500-800倍液喷淋；也可用根腐宁或恶霉灵500-1000倍液喷淋或按每亩用药3-5公斤拌适量细土均匀撒施。防治青枯病、软腐病等细菌性病害，可选用80%水合霉素1000倍液、72%农用链霉素3000-5000倍液或络氨铜适量喷淋。用这些药剂进行土壤消毒应在播种前进行。
五、高温闷棚：
高温闷棚是一种预防蔬菜重茬病害经济有效的方法，即利用太阳能高温处理，消毒灭菌。具体方法是每年6-9月的高温阶段，一般在7月上旬至8月下旬进行，成本低、污染小、操作简单、效果好。利用两茬作物种植的间隔期，或结合换茬的整地施肥进行，杀死基施有机肥中的病菌。可按以下步骤进行：
1.整地施肥：结合精细整地施入农家肥，可提高和维持地温，消毒效果更好。地整好后做垄或做高低畦，使地膜与地面之间形成一定空间，有利于提高地温。
2.灌水：土壤含水量与消毒效果密切相关，含水量过高，不利于提高地温，含水量过低，杀菌效果不佳，以田间最大持水量60%时灭菌效果最好。